Пущинский городской народный суд был образован в марте 1990 года решением исполкома Мособлсовета № 422/14.
Приказом отдела юстиции исполкома Мособлсовета № 341 с 01.10.90 было введено штатное расписание из 4,5 штатных единиц, в том числе председателя суда, которым стал Козлов Василий Алиакбярович, секретаря судебного заседания, секретаря суда, судебного исполнителя, уборщицы.

В десятилетний период работы суд стал двусоставным. С 1994 года председателем суда фактически стала Глазкова Татьяна Григорьевна (на должность судьи Пущинского суда избрана с 17.05.93).

С марта 1995 года в суде стала работать судьей Постыко Лада Сергеевна,  назначенная на эту должность 22.02.1995. В этом составе судей и аппарата суда в количестве 10 сотрудников суд проработал вплоть до открытия 07.06.2001 нового здания городского суда расположенного по адресу: ул. Грузовая, д.2/1.

С 01 июля 2002 года суд является трехсоставным.

С 19 февраля 2008 года к обязанностям  федерального судьи Пущинского городского суда приступила Степанова Светлана Игоревна.