Бабаюртовский народный суд начал свою деятельность в начале 1940 гг.
С 1996  года  народный суд Бабаюртовского района переименован в Бабаюртовский районный суд.
До 1998 года народный суд Бабаюртовского района находился в подчинении Министерства юстиции Республики Дагестан.
С момента образования Управления Судебного департамента РД при Верховном суде Российской Федерации Бабаюртовский районный суд находится в подчинении этого ведомства.
В настоящее время Бабаюртовский районный суд трехсоставной.