Тере-Хольский кожуун (административная единица в Республике Тыва) был образован 25 января 1936 году и в этом же году создан суд района.
Правосудие в кожууне с 1953 по 1975 годы осуществлялось судами районов, в состав которых нынешний Тере-Хольский кожуун входил. В 1975 году, с момента вхождения в состав Кызылского района, правосудие в кожууне осуществлялось Кызылским районным судом, даже когда в 1995 году кожуун был выведен из состава Кызылского района.
5 июля 2005 году вышел Указ Президента России об образовании двухсоставного Тере-Хольского районного суда. Фактически суд начал свою деятельность с сентября 2006 года.