Народный суд Гергебильского района был образован в 1945 году. В апреле 1945 года, согласно постановлению Государственной думы переименовали в районный (федеральный) суд.

Гергебильский районный суд осуществляет правосудие в соответствии с Федеральным конституционным законом «Судебная власть в РФ» от 31 декабря 1996 г №1-Фзи Конституцией РФ от 12 декабря 1993 г.

До 1999 года организационно-правовое и материально-техническое обеспечение суда осуществляло Министерство Юстиции РД. В октябре 1998 года был организован Судебный департамент при Верховном суде РФ в РД.

С 1999 года организационно-правовое и материально-техническое обеспечение осуществляет Управление Судебного департамента при ВС РФ в РД. Гергебильский районный суд подотчетен в своих действиях Верховному Суду Республики Дагестан и Управлению Судебного департамента при ВС РФ в РД.

Гергебильский районный суд в пределах своей компетенции является судом первой и второй инстанции. По штатному расписанию в районном суде работают 15 работников.