Распоряжением Второго Управления Министерства Юстиции СССР в 1972 году в п. Протвино образован Суд- 9, председателем которого Приказом Второго Управления Министерства Юстиции СССР был назначен Бугров Валерий Николаевич, который   возглавлял Суд – 9 в п. Протвино с осени 1972г. по январь 1979г., а после преобразования Суда- 9 во Вторую постоянную сессию Московского областного суда был назначен ее председателем и проработал в этой должности до января 1981г.

Здание суда располагалось в то время по ул. Победы, д.12, поселка Протвино. До 1976г. суд действовал в составе одного судьи.

В июне 1976 года в Суд-9 назначен судьей Беляев Анатолий Михайлович.

Вторая постоянная сессия Московского областного суда рассматривала гражданские и уголовные дела, дела о воинских преступлениях. После смерти Бугрова Валерия Николаевича в 1981г. суд стал возглавлять Беляев Анатолий Михайлович.

В июне 1981г. во Вторую постоянную сессию Мособлсуда назначен судьей  Красновекин Константин Федорович.

В 1987г. территория п. Протвино передана к подведомственности Серпуховского районного суда.  Вторая постоянная сессия Мособлсуда продолжала свою работу, поскольку на территории п. Протвино находились воинские части, секретные объекты и оборонные предприятия. С 1990г. председателем Второй постоянной сессии Мособлсуда, после ухода в отставку Беляева Анатолия Михайловича, стал Корнев Василий Петрович.

В ноябре 1989г.  поселок Протвино получил статус научного города.

28.11.1991г. в городе образован Протвинский городской суд, и. о. председателя которого назначена  Бушта Любовь Викторовна.

Изначально Протвинский городской суд образовывался двухсоставным и стал располагаться на 4-ом этаже здания  по ул. Дружбы 1б.

В 1992г. судьей Протвинского городского суда назначен Коновалюк Александр Федорович. В декабре 1992г. ликвидирована Вторая постоянная сессия Московского областного суда и председателем Протвинского городского суда был назначен Корнев Василий Петрович, он возглавлял суд до января 1994г.

С января 1994г. и.о. председателя суда становится Коновалюк Александр Федорович.

За время председательства Коновалюка Александра Федоровича с 1994г. по 1997г. в Протвинский городской суд назначены судьи Хадикова Людмила Владимировна и Карпов Игорь Александрович.

В 1997г. исполнять обязанности председателя Протвинского городского суда, назначен Карпов Игорь Александрович. С февраля 2000г. и по настоящее время Карпов Игорь Александрович возглавляет Протвинский городской суд.

В сентябре 1999г. судьей Протвинского городского суда назначен Брыков Игорь Иванович.

С февраля 2002г. в Протвинский городской суд назначена судьей  Нестерова Татьяна Александровна.

В декабре 2006г. на должность судьи Протвинского городского суда назначен Сусакин Алексей Юрьевич.

Аппарат суда состоит из начальника отдела делопроизводства, секретарей суда, секретарей судебного заседания и помощников судей. С  2000г.  в Протвинском городском суде введена должность администратора суда.

Сегодня суд действует в составе трех судей.