В июле 1991 года был принят Закон "Об арбитражном суде", с введением которого в действие упразднился Госарбитраж и положено начало деятельности нынешней системы арбитражных судов. Сформированная в 1991 году судебная система существенно повысила действенность судебной защиты от правонарушений, так как были значительно расширены процессуальные права и гарантии спорящих сторон.

Производство при рассмотрении споров между хозяйствующими субъектами стало осуществляться по правилам, установленным Арбитражным процессуальным кодексом Российской Федерации, введенным в действие 5 марта 1992 года.

В феврале 1992 года Президиум Верховного Совета РФ утвердил Временное положение о порядке избрания судей арбитражных судов, где, в частности, было указано, что "кандидатуры для избрания на должности судей - членов краевых, областных арбитражных судов представляются председателем Высшего Арбитражного Суда РФ и рассматриваются в Верховном Совете РФ".

Первым Председателем Арбитражного суда Краснодарского края 2 апреля 1992 года был назначен Альберт Константинович Журавский. Днем рождения суда считается 11 июня 1992 года - день подписания Председателем Верховного Совета Российской Федерации Р.И.Хасбулатовым Постановления "Об избрании Краснодарского краевого арбитражного суда".

Со дня образования руководство судом осуществлялось его председателем Журавским Альбертом Константиновичем, первым заместителем Чабаном Александром Ивановичем, заместителями председателя Данильченко Людмилой Георгиевной и Грибовой Анной Ивановной.

В настоящее время Арбитражный суд Краснодарского края возглавляет судья Григорий Анатольевич Мантул, который до назначения на должность председателя суда был председателем административной коллегии суда.