Был образован как Краснопресненский районный народный суд г. Москвы и располагался  в здании на   ул. Чайковского д. 13 (ныне Новинский бульвар). Первым председателем суда был В.С. Дудкин.
В 1976 году суд переехал в специально построенное здание  на    ул. Зоологической, д. 20.
В 1994 году согласно распоряжения мэра г.Москвы № 30 РМ из наименования суда исключено указание на «народный» суд – Краснопресненский районный народный суд г.Москвы переименован в Пресненский межмуниципальный районный суд ЦАО г.Москвы .
В 2003 году Федеральным Законом  № 88-ФЗ «О создании районных судов г.Москвы» и внесении изменений  в        ст. 21 Закона РСФСР «О судоустройстве РСФСР» Пресненский межмуниципальный районный суд ЦАО г.Москвы был переименован в Пресненский районный суд г. Москвы.
В  здании суда на ул. Зоологическая д.20 в течение длительного времени два этажа  из пяти занимал Московский городской суд. 
Действующий председатель суда – Евгений Михайлович Найденов.