Федеральный арбитражный суд Московского округа создан 15 сентября 1995 года на основании Федерального конституционного закона от 28 апреля 1995 года № 1-ФКЗ "Об арбитражных судах в Российской Федерации".

Федеральный арбитражный суд Московского округа как суд кассационной инстанции осуществляет проверку законности вступивших в законную силу судебных актов, принятых арбитражными судами города Москвы и Московской области, Девятым и Десятым арбитражными апелляционными судами. В качестве суда первой инстанции рассматривает заявления о присуждении компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного акта в разумный срок, по делам, рассмотренным в арбитражных судах Московского округа.

В суде работает 48 судей, включая руководителей суда. Из них: 2 судей имеют высший квалификационный класс, 30 судей - первый квалификационный класс, 13 судей - второй квалификационный класс, 3 судей - третий квалификационный класс. 5 судьям присвоено почетное звание "Заслуженный юрист Российской Федерации". Один судья является доктором юридических наук, 6 - кандидатами юридических наук.

Внутри Федерального арбитражного суда Московского округа сформированы коллегия по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений и коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений.

В каждой коллегии образовано по три судебных состава. Распределение поступающих кассационных жалоб осуществляется между судебными составами в рамках установленной приказом председателя специализации судебных составов.

Коллегии возглавляют председатели судебных коллегий - заместители председателя суда.

В соответствии со статьей 27 Федерального конституционного закона Российской Федерации «Об арбитражных судах в Российской Федерации» образован Президиум Федерального арбитражного суда Московского округа. В задачи Президиума входит формирование единой правоприменительной практики и разработка мероприятий по совершенствованию организации деятельности суда.

Аппарат судебных коллегий помимо помощников судей состоит из специалистов коллегий, отвечающих за делопроизводство в коллегии, движение дел между коллегиями и другими структурными подразделениями суда, а также принимающих участие в аналитической работе коллегии.

Кадровая, финансовая, информационно-техническая, хозяйственная и иная деятельность суда обеспечивается аппаратом суда, который возглавляет руководитель аппарата - администратор суда.

В аппарате окружного суда работает 126 человек из 146 по штату. Большая часть работников имеет высшее юридическое или иное специальное образование, либо совмещает работу с учебой. Существующая структура аппарата суда позволяет оперативно решать текущих задач, осуществлять контроль за полной и правильностью исполнения указаний председателя суда.