Платон Лебедев был задержан 2 июля 2003 года по подозрению в хищении принадлежавших государству 20% акций мурманского ОАО "Апатит" на сумму 283,1 миллиона долларов. Основанием для возбуждения уголовного дела и задержания Лебедева стали материалы проверки, проведенной Генпрокуратурой по запросу депутата Госдумы Владимира Юдина.

В итоге ему предъявили обвинения по семи статьям Уголовного кодекса. 1 апреля 2004 года Генеральная прокуратура РФ обнародовала подробности обвинения, предъявленного Лебедеву. Так, следствием было установлено, что Лебедев, занимая должности президента ОАО "КБ "Менатеп" и члена советов директоров ЗАО "МФО "Менатеп" и СП "Рашн Траст энд Трэйд" (РФ-Швейцария), в 1994 году вошел в организованную группу лиц, созданную и руководимую Михаилом Ходорковским с целью завладения акциями предприятий РФ в период проведения приватизации, причем мошенническим путем, и совместно с Ходорковским руководил этим процессом, признанным следствием преступным.

31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены Мещанским райсудом к девяти годам лишения свободы каждый.Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 года срок был снижен до восьми лет.

На фото: Платон Лебедев во время оглашения приговора в Мещанском суде, 31 мая 2005 года.

В октябре 2005 года Лебедев был этапирован в колонию, расположенную в поселке Харп Ямало-Ненецкого автономного округа. В декабре 2006 года он вместе с Ходорковским был переведен в СИЗО города Читы на время расследования второго уголовного дела.

5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ: ст. 160 - хищение путем присвоения, ст. 174 - легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества.

На фото: заседание Верховного суда РФ во время рассмотрения протеста Генпрокуратуры на решение суда о незаконности проведения в Чите следствия по делу Ходорковского и Лебедева, 20 декабря 2007 года

9 февраля 2007 года Генпрокуратура конкретизировала свои обвинения. Лебедеву и Ходорковскому вменялось хищение акций дочерних организаций ОАО "Восточная нефтяная компания" в ноябре 1998 года, переоформленных позже на ряд зарубежных офшорных компаний.

Кроме того, по версии следствия, в 1998-2004 годах Лебедев и Ходорковский участвовали в хищении нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть". Нефть с этих предприятий они якобы сначала покупали по себестоимости (под видом так называемой "скважинной жидкости"), а затем через подконтрольные фирмы продавали по цене, завышенной примерно в 3-4 раза. Общая сумма похищенной нефти, по версии Генпрокуратуры, составила более 850 миллиардов рублей, из которых было легализовано 450 миллиардов рублей и 7,5 миллиарда долларов.

На фото: Платон Лебедев в Хамовническом суде на открытии второго суда по "делу ЮКОСа", 3 марта 2009 года

16 февраля 2009 года прокуратура утвердила обвинительное заключение. Предварительные слушания по делу проходили с 3 по 17 марта в Хамовническом суде Москвы. В ходе заседаний защита заявила свыше 40 ходатайств, в том числе о прекращении уголовного дела, однако все они были оставлены без удовлетворения. Прокуратура просила сохранить Ходорковскому и Лебедеву меру пресечения в виде содержания под стражей, это ходатайство суд удовлетворил.

На фото: Михаил Ходорковский и Платон Лебедев в Хамовническом суде на открытии второго суда по "делу ЮКОСа", 3 марта 2009 года

31 марта 2009 года Хамовнический суд Москвы начал слушания по существу по второму "делу ЮКОСа". 21 апреля подсудимые, выступая в суде, отвергли все предъявленные им обвинения.

На фото: Лебедева доставляют в здание Хамовнического суда Москвы на очередное заседание, 15 сентября 2009 года.

23 декабря 2009 года президиум Верховного суда РФ признал незаконным арест бывшего руководителя МФО "Менатеп" Платона Лебедева 3 июля 2003 года в рамках первого уголовного дела в отношении экс-предпринимателя и постановил восстановить производство по уголовному делу в отношении Лебедева ввиду новых обстоятельств. Этим постановлением президиум ВС РФ удовлетворил представление председателя суда Вячеслава Лебедева о пересмотре судебных решений в отношении Платона Лебедева в связи с вынесенным в октябре 2007 года постановлением Европейского суда по правам человека.

На фото: Платон Лебедев в зале судебных заседаний Хамовнического суда Москвы, 24 мая 2010 года.

30 декабря 2010 года Хамовнический суд Москвы назначил экс-главе ЮКОСа Михаилу Ходорковскому и экс-руководителю МФО "Менатеп" Платону Лебедеву наказание в виде 13,5 лет колонии. Однако поскольку Ходорковский и Лебедев не отбыли полгода наказания по первому приговору, то окончательно суд приговорил их к 14 годам.

На фото: Платон Лебедев во время дачи показаний в Хамовническом суде, 26 августа 2010 года.

С учетом первого приговора, по которому они получили восемь лет лишения свободы, и проведенного в заключении времени, срок их наказания истекал в 2017 году. Защита обжаловала приговор.

На фото: Ходорковский и Лебедев перед началом оглашения приговора, 30 декабря 2010 года.

24 мая 2011 года Мосгорсуд смягчил наказание подсудимым на один год. Платон Лебедев был отправлен отбывать наказание в колонию номер 14 города Вельска в Архангельской области.

На фото: Лебедев в зале заседаний Московского городского суда во время рассмотрения кассационной жалобы, 17 мая 2011 года.

31 мая 2011 года стало известно, что ЕСПЧ, рассмотрев жалобу Ходорковского по первому делу в отношении него, признал условия содержания бизнесмена в СИЗО после 2005 года и срок его заключения под стражу на время расследования и судебных слушаний нарушениями Европейской конвенции о правах человека.

Кроме того, ЕСПЧ нашел ряд процедурных нарушений при аресте предпринимателя. Политической подоплеки в преследовании бизнесмена суд не усмотрел. В итоге он постановил взыскать с РФ 10 тысяч евро в пользу Ходорковского за нарушения его прав.

На фото: Лебедев на заседании Хамовнического суда, 27 октября 2010 года.

27 июля 2011 года Вельский суд Архангельской области отказал Лебедеву в условно-досрочном освобождении. Оглашая решение, судья Николай Распопов, отметил, что "цели назначенного двумя приговорами московских судов наказания Лебедев еще не достиг". Защита Лебедева обжаловала отказ подзащитному в УДО, получив очередной отказ 16 сентября.

На фото: Лебедев в зале суда города Вельска Архангельской области, 26 июля 2011 года.

13 декабря 2011 года стало известно, что защита Лебедева обжаловала в надзорном порядке приговор Хамовнического суда. 30 января 2012 председатель Мосгорсуда Ольга Егорова отклонила жалобы.

На фото: Лебедев в зале суда города Вельска Архангельской области, 26 июля 2011 года.

16 января 2013 года стало известно, что Хамовнический суд Москвы при установлении размеров легализации средств, полученных от хищения нефти, в приговоре Ходорковскому и Лебедеву, ошибочно учел сумму неуплаченных осужденными и подконтрольными им организациями налогов и сборов на сумму более 5,5 миллиардов рублей. В итоге Мосгорсуд исключил из приговора указание на легализацию более чем 5,6 миллиардов рублей, оставив только легализацию денежных средств, полученных после хищения нефти.

23 января Вельский районный суд Архангельской области на третьем по счету рассмотрении вопроса о смягчении наказания Лебедеву принял решение прекратить производство по этому делу, в связи с тем, что обстоятельств, смягчающих его вину, не появилось.

20 марта президиум Архангельского областного суда отказал Платону Лебедеву в условно-досрочном освобождении. Суд подтвердил решения нижестоящих инстанций, которые сочли, что Лебедев пока не может выйти на свободу по УДО.

На фото: Лебедев в зале суда города Вельска Архангельской области, 26 июля 2011 года.

6 августа 2013 года, рассмотрев жалобу на приговор по второму делу в отношении Ходорковского и Лебедева, Верховный суд РФ сократил им срок заключения до 10 лет и 10 месяцев каждому.

23 января 2014 года президиум Верховного суда РФ снизил наказание бывшему руководителю МФО "Менатеп" Платону Лебедеву до уже отбытого срока. Ему назначено 10 лет 6 месяцев и 22 дня заключения.

В своем решении Верховный суд освободил Лебедева и Ходорковского от ответственности по одному из эпизодов хищения акций, совершенному в 1995 году, в связи с истечением срока давности. До этого суд переквалифицировал этот эпизод на мошенничество в сфере предпринимательской деятельности, поэтому признал за осужденными право на реабилитацию.

Решение президиума Верховного суда окончательно и далее в области российского правосудия обжаловано быть не может.