Приказом Министерства юстиции РСФСР (Минюст РСФСР) от 26 декабря 1939 года Пушкинский городской суд с 1 января 1940 года выделился из состава Ленинградского областного суда и стал самостоятельным. Районные судебные участки перешли в непосредственное подчинение Ленинградского суда.
По постановлению Военного Совета Ленинградского фронта от 4 декабря 1941 года № 00441 Ленинградский городской суд был преобразован в Военный трибунал г. Ленинграда. По постановлению Военного Совета Ленинградского фронта от 22 января 1944 года №00852 «О развоенизировании Военного трибунала г. Ленинграда», Военный трибунал г. Ленинграда развоенизирован и переименован в Ленинградский городской суд.
На территории Пушкинского района в 1945-1960 гг. действовало три судебных участка: № 1, 2, 3.
В 1960 году был принят Закон РСФСР «О судоустройстве». В соответствии со ст.27 Закона районный (городской) народный суд действовал в каждом районе или городе, не имеющем территориального деления. Приказом Ленгорсуда от 27 ноября 1960 года на базе ранее действовавших судебных участков с 1 января 1961 года были образованы районные суды, в том числе Пушкинский районный народный суд, в состав которого вошли судебные участки №1,2,3.
Решением 9 сессии 21 созыва Ленинградского городского Совета народных депутатов от 25 июня 1991 года № 4 деятельность Исполнительного комитета была прекращена с 1 июля 1991 года. Пушкинский районный народный суд г. Ленинграда в организационном отношении перестал подчиняться Отделу юстиции Исполкома Ленгорсовета. Суды перешли в непосредственное подчинение Минюста РСФСР. По указу Президиума Верховного Совета РСФСР от 6 сентября 1991 года с возвращением городу Ленинграду его исторического названия Санкт-Петербург Пушкинский районный суд г. Ленинграда стал именоваться Пушкинский районный народный суд г. Санкт-Петербурга.
С 1998 года надлежащим названием суда является Пушкинский районный суд г. Санкт- Петербурга.
Здание Пушкинского районного суда г. Санкт-Петербурга было возведено на рубеже 1900-х годов по проекту архитектора С.А. Данини.