Николаевский-на-Амуре городской суд был организован в 1923 году в качестве народного суда Николаевского-на-Амуре района, который обслуживал территории Нижнеамурского, Тахтинского, Ульчского, Чумиканского, Аянского, Полины Осипенко районов. С организацией в 1932 году народного суда в городе Николавске-на-Амуре народный суд стал именоваться народным судом Нижне-Амурского района.

С 1938 года народный суд Нижне-Амурского района стал обслуживать только территорию Нижне-Амурского района. В 1951 году Нижне-Амурский район разделен на два участка и на базе народного суда Нижне-Амурского района был образован народный суд 1 участка Нижне-Амурского района. Позже был реорганизован в Николаевский-на-Амуре городской народный суд. В настоящее время с принятием закона «О судебной системе Российской Федерации» в Николаевске-на-Амуре действует Николаевский-на-Амуре городской суд.