Постановлением Верховного Совета Российской Федерации от 4 июня 1992 года из числа государственных арбитров Государственного арбитража Горьковской области были избраны первые 20 судей.

До 1995 года в Нижегородском областном арбитражном суде действовали две инстанции - первая и кассационная. Последняя разрешала жалобы на не вступившие в законную силу решения первой инстанции. Процессуальное законодательство дела, рассматриваемые арбитражными судами, делило на две большие группы: вытекающие из гражданских правоотношений и возникающие в сфере управления. В силу этого в составе суда функционировали три коллегии: коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских правоотношений, коллегия по рассмотрения споров, возникающих в сфере управления, и кассационная коллегия.

Первым председателем Нижегородского областного арбитражного суда стала Галина Ивановна Грошева (с 1995 года по 2005 год возглавляла Федеральный арбитражный суд Волго-Вятского округа).

Следующим по хронологии и наиболее значимым событием в истории суда стало принятие в 1995 году Федерального конституционного закона "Об арбитражных судах в Российской Федерации". Судебно-арбитражная система России превратилась из двухуровневой в трехуровневую (арбитражный суд субъекта Федерации, федеральный арбитражный суд округа и Высший Арбитражный Суд Российской Федерации), из трехинстанционной (производство в первой, кассационной и надзорной инстанциях) в четырехинстанционную (добавилось производство в апелляционной инстанции).

С 1995 года Арбитражный суд Нижегородской области возглавляет заслуженный юрист Российской Федерации, почетный работник судебной системы Б.А. Баландин.

Структурно Арбитражный суд Нижегородской области состоит из президиума и двух судебных коллегий - по рассмотрению экономических споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений (гражданская коллегия), и по рассмотрению экономических споров, возникающих из административных и иных публичных правоотношений (административная коллегия), а аппарат суда - из Управления делами (сектор кадров, приемная председателя суда, группа обеспечения деятельности председателя суда в качестве судьи, сектор делопроизводства (канцелярия), сектор организационно-контрольной работы, архив суда), отдела анализа и обобщения судебной практики и информатизации, финансового отдела - бухгалтерии и отдела материально-технического обеспечения и социально-бытового обслуживания. В свою очередь, гражданскую коллегию формируют три судебных состава, а административная коллегия включает в себя два судебных состава.

Президиум суда является коллегиальным органом и действует в составе председателя суда, который его и возглавляет, заместителей председателя суда, председателей судебных составов, судей и секретаря президиума. Судьи, входящие в состав президиума суда, утверждаются Пленумом Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации по представлению председателя суда сроком на два года.

Основными задачами президиума суда являются: обеспечение начал коллегиального руководства деятельностью суда; определение единства практики применения материального и процессуального права при разрешении споров; совершенствование организации работы суда по осуществлению правосудия путем разрешения экономических споров и рассмотрения иных дел, отнесенных к его компетенции.

К полномочиям президиума суда относится: утверждение по представлению председателя суда численности судебных коллегий, конкретных членов судебных коллегий и председателей судебных составов суда; рассмотрение других вопросов организации работы суда; рассмотрение вопросов судебной практики.

Стоит отметить, что решения президиума суда не должны напрямую предопределять результаты разрешения конкретного спора, находящегося в производстве суда. Организационное, документальное и информационное обеспечение работы президиума суда осуществляет секретарь президиума суда, обязанности которого по должности исполняет начальник отдела анализа и обобщения судебной практики и информатизации или другое лицо, назначаемое председателем суда из числа наиболее подготовленных работников аппарата суда.