Основными задачами Арбитражного суда Республики Башкортостан являются защита нарушенных или оспариваемых прав и законных интересов предприятий, учреждений, организаций и граждан и содействие укреплению законности и предупреждению правонарушений в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности.

В целях выполнения названных задач, В соответствии со ст.36 ФКЗ "Об арбитражных судах в РФ" от 28.04.1995 года № 1-ФКЗ, Арбитражный суд Республики Башкортостан:

1) рассматривает в первой инстанции все дела, подведомственные Арбитражному суду Республики Башкортостан;
2) пересматривает по вновь открывшимся обстоятельствам принятые им и вступившие в законную силу судебные акты;
3) обращается в Конституционный суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению в деле, рассматриваемом им в любой инстанции;
4) изучает и обобщает судебную практику;
5) подготавливает предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов;
6) анализирует судебную статистику.

Президиум Арбитражного суда Республики Башкортостан:

- утверждает по представлению Председателя суда членов судебных коллегий и председателей судебных составов суда;
- рассматривает вопросы организации работы суда;
- рассматривает вопросы судебной практики.

Судебные коллегии Арбитражного суда Республики Башкортостан рассматривают в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, изучают и обобщают судебную практику, разрабатывают предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов, анализируют судебную статистику и осуществляют иные полномочия в соответствии с регламентом арбитражных судов.