Бабушкинский народный суд г. Москвы основан в 1959 году. Первым  председателем суда была Полина Васильевна Горелова.
С 1969 года Бабушкинский районный суд г. Москвы располагался  в здании 1936-1942 годов постройки (1476 кв.м. и дополнительное здание 226 кв.м.) по адресу: г. Москва, ул. Ленская, д. 2/21.

В 1994 году Бабушкинский районный (народный) суд г. Москвы был переименован в Бабушкинский межмуниципальный районный суд в СВАО г. Москвы.

Федеральным законом от 02 июля 2003 года №88-ФЗ «О создании и об упразднении районных судов города Москвы и о внесении изменения в статью 21 Закона РСФСР «О судоустройстве РСФСР» Бабушкинский межмуниципальный районный суд в СВАО г. Москвы был упразднен и создан Бабушкинский районный суд г. Москвы.

С декабря 2006 года и по настоящее время председателем Бабушкинского районного суда г. Москвы является Владимир Федорович Никитин.