С момента образования до начала девяностых годов именовался Ленинградским районным народным судом.
25 января 1994 года на основании Распоряжение Мэра Москвы №30-РМ «Об установлении границ территориальной юрисдикции и наименований районных народных судов города Москвы» Ленинградский районный народный суд был переименован в Головинский межмуниципальный (районный) народный суд Северного административного округа города Москвы.
Граница территориальной юрисдикции суда включала муниципальные округа: Войковский, Головинский, Левобережный, Молжаниновский, Сокол, Ховрино. Суд находился по адресу: Москва, ул.Куусинена, д.2.
В 1992 году суд переехал в здание на улицу Зои и Александра Космодемьянских, д.31, кор.2, где и располагается до настоящего времени.
В 2003 году Федеральным законом №88-ФЗ "О создании и об упразднении районных судов города Москвы и о внесении изменения в статью 21 закона РСФСР "О судоустройстве РСФСР" Головинский межмуниципальный (районный) народный суд был упразднен и относящиеся к его ведению вопросы осуществления правосудия на территории Войковского, Головинского, Молжаниновского, Левобережного районов и района Ховрино города Москвы переданы в юрисдикцию созданного Головинского районного суда города Москвы.