Москворецкий районный народный суд города Москвы был образован в 1939 году. Юрисдикция суда распространялась на территорию районов Москворецкий и Октябрьский Центрального административного округа города Москвы. Законом города Москвы от 05 июля 1995 года №13-47 «О территориальном делении города Москвы» был образован район Замоскворечье, в связи с чем Москворецкий районный народный суд города Москвы был переименован в Замоскворецкий межмуниципальный (районный) народный суд Центрального административного округа города Москвы.

В 2003 году Федеральным законом №88-ФЗ «О создании и об упразднении районных судов города Москвы и о внесении изменения в статью 21 Закона РСФСР «О судоустройстве РСФСР» был создан Замоскворецкий районный суд города Москвы, юрисдикция которого распространилась на территорию районов Замоскворечье и Якиманка. Этим же законом был упразднен Замоскворецкий межмуниципальный (районный) народный суд Центрального административного округа города Москвы, с передачей относящихся к его ведению вопросов осуществления правосудия в юрисдикцию Замоскворецкого районного суда города Москвы.

В мае 2011 года Указом Президента Российской Федерации №682 председателем Замоскворецкого районного суда города Москвы была назначена Никишина Наталия Викторовна.