Был образован и на протяжении многих лет существовал как Калининский народный районный суд города Москвы.
Распоряжением мэра города Москвы от 25 января 1994 г. № 30-РМ Калининский народный районный суд города Москвы был переименован в Лефортовский межмуниципальный (районный) народный суд Юго-Восточного административного округа г. Москвы.
Границы территориальной юрисдикции суда включали в себя муниципальные округа: Лефортово, Нижегородский, Южнопортовый и другие территории, обслуживаемые ОВД муниципальных округов «Лефортово», «Нижегородский», «Южнопортовый».
В соответствии с Федеральным законом № 88-ФЗ от 02 июля 2003 года «О создании и об упразднении районных судов города Москвы и о внесении изменений в статью 21 Закона РСФСР «О судоустройстве РСФСР» Лефортовский межмуниципальный (районный) народный суд Юго-Восточного административного округа г. Москвы был упразднен и создан Лефортовский районный суд города Москвы. Юрисдикция вновь образованного суда  распространялась на территории Нижегородского, Южнопортового районов и района Лефортово.
В настоящее время здание Лефортовского районного суда – это здание переменной этажности (4-5 этажей).