Возникновение и деятельность учреждений, размещавшихся в здании по набережной реки Фонтанки под №16, были неразрывно связаны с историей нашей страны. Известно, что после того, как Фонтанная река (позже Фонтанка) в 1780-1789 годах была одета в гранит, а около 1790-х годов на её берегу возвысился Михайловский замок, началась застройка набережной между существующими ныне улицами Белинского и Пестеля. В конце ХVIII века был возведён особняк, перешедший впоследствии к Виктору Павловичу Кочубею, дипломату и государственному деятелю при Александре I и Николае I.
Кочубей скончался в 1834 году, особняк продали казне наследники Виктора Павловича. В доме на Фонтанке обосновалось Третье Отделение канцелярии его императорского величества – орган политического сыска. По воспоминаниям чиновников, народовольцев и других лиц установлено, что в особняке размещалась квартира начальника отделения (он же шеф жандармов).
В первых числах января 1840 года в Третье отделение был вызван А.И. Герцен. Впечатления о пребывании в Третьем отделении и его деятелях Герцен запечатлел в мемуарах «Былое и думы».
При отделении имелась тюрьма. Дата её возникновения и ликвидации точно не установлена. Известно, что в тюрьме Третьего отделения в 1847 году содержался Т.Г. Шевченко за принадлежность к тайному политическому Кирилло-Мефодиевскому обществу. Без суда и следствия поэт был отправлен солдатом в Оренбургский отдельный корпус под строжайший надзор с запрещением писать и рисовать. В тюремной камере Шевченко с 17 апреля по 30 мая 1847 года написал 16 стихотворений, которые пошли в цикл «В каземате».
Третье отделение просуществовало более 50 лет. После взрыва в Зимнем двроце, подготовленного силами партии «Народная воля» и осуществлённого Степаном Халтуриным 5 февраля 1880 года, Александр II дал распоряжение о ликвидации Третьего отделения. Был учрежден департамент полиции при министерстве внутренних дел. Департамент остался в тех же помещениях, у Цепного моста.
В пролетарский период революционного движения России (1895-1917 г.г.) департамент полиции широко стал практиковать провокацию и создание рабочих кружков, получивших в народе название «зубатовских» (идейный и фактический организатор подобной системы борьбы с революционным движением - С.В. Зубатов).
На солидном содержании департамента полиции состояли такие «особо-ценные» агенты, как Азеф (глава террорестической организации эсеров), Малиновский (член большевистской фракции IV Думы 1912-1914 г.г.) и другие.
С 1 февраля 1923 года в помещениях здания под № 16 на набережной Фонтанки приступил к работе Петроградский губернский суд, при котором находился аппарат следователей («нарследы»).
В 1930 году в связи с ликвидацией округов был образован Ленинградский областной суд. В здании, кроме областного суда, размещались криминалистическая лаборатория и областные юридические курсы, готовившие юридические кадры из выдвиженцев с производства.
С 1925 года при Ленинградском губернском суде было открыто новое научное учреждение — криминалистический кабинет. В его работе принимал участие известный юрист и писатель А.Ф.Кони.
В январе 1940 года из Ленинградского областного суда были выделены Ленинградский городской суд и Ленинградское управление министерства юстиции РСФСР.
Управление разместилось в особняке на набережной Красного Флота под № 14, а Ленинградский городской суд — на набережной Фонтанки.
В годы Великой Отечественной войны сотрудники находились на казарменном положении. В сентябре 1941 года бомба попала в особняк, прошла через актовый парадный зал, кабинет с колоннами, в подвал, но не взорвалась.
С 1956 года после ликвидации Министерства юстиции основную часть здания занимали Ленинградский городской и Ленинградский областной суд.
Ныне помещения не имеют былой парадности, обносились интерьеры, проведены перепланировки комнат. Однако в Белом зале сохранились прежние люстры, дубовые столы с зелёным сукном, шкафы из красного дерева, старинные сейфы, конторки, кресла. В помещениях, где размещались жандармы и следственная комиссия, ныне живут российские граждане.