Во время Великой Отечественной войны, с 14 августа 1942 года по 27 января 1943 года, Апшеронский район находился в оккупации. Работники суда по приказу уничтожили весь архив документов суда. В феврале 1943 года советские войска освободили район от немецко-фашистских захватчиков. В связи с этими трагическими событиями и уничтожением архива история суда начинается с момента освобождения района от фашистов.

В декабре 1960 года ввиду реорганизации участковой судебной системы в «единый районный народный суд» все участки Апшеронского и Нефтегорского районов, находившихся в Апшеронске и Хадыженске, были преобразованы в Апшеронский районный народный суд, проведено сокращение и укомплектование штатных единиц районного народного суда. Были введены должности заведующего канцелярией, бухгалтера. Вышестоящей организацией стал Краснодарский краевой суд. Районный суд находился в ведомстве Министерства юстиции. В мае 1963 года открылась постоянная выездная сессия Апшеронского районного суда в г. Хадыженске.

Первым председателем народного суда Апшеронского района стал бывший народный судья 1-го участка Брагин Александр Пафнутьевич, который проработал на этой должности, по меньшей мере, до осени 1963 года.

До начала 90-х годов Апшеронский народный суд располагался в историческом здании по ул. Ленина в г. Апшеронске. В начале 90-х годов суд перемещается в здание бывшего райкома КПСС по ул. Ленина, 73, где и находится по настоящее время.
В начале 90-х годов Апшеронский районный народный суд был переименован в Апшеронский районный суд в связи с изменениями в Конституции РФ.

В октябре 2001 года в связи с введением «института мировых судей» в Апшеронском районе были образованы четыре судебных участка №№ 120, 121, 122 и 123, три из которых расположены в г. Апшеронске, а один (№ 121) – в г. Хадыженске. В декабре 2008 года был образован пятый судебный участок № 252. В конце 2006 года участки мировых судей были укомплектовываются помощниками мирового судьи.