Суд был основан в конце 30-х гг. XX века.

В 1976 году штатная численность районного суда состояла из четырех штатных единиц: народный судья, судебный исполнитель, секретарь суда, курьер-уборщик - с прямым подчинением отделу юстиции Тюменского облисполкома. В 1992 году Красноселькупский районный народный суд был передан в ведение отдела юстиции ЯНАО со штатной численностью четыре единицы. В 1995 году штатная численность работников суда увеличилась на две единицы, введены должности председателя суда и секретаря судебного заседания.

В соответствии с Федеральным конституционным законом «О судебной системе РФ», принятым Государственной Думой 23 октября 1996 года, на базе Красноселькупского районного народного суда создан федеральный районный суд общей юрисдикции. В 1998 году на основании приказа Министерства юстиции Российской Федерации передан в ведение судебного департамента при ВС РФ.

В 2000 году в суде появилась новая должность - администратора суда.

Красноселькупский районный суд является двухсоставным, без подразделений.