В архивных материалах о Благодарненском суде впервые упоминается в конце XIX века.

Первым Благодарненским Уездным съездом 25-28 марта 1918 года была организована Уездная Советская власть – исполнительный комитет, который назначал 7 комиссариатов, из которых второй являлся комиссариатом юстиции. Комиссаром юстиции был назначен И.П. Нестеров. При комиссариате юстиции была создана комиссия Уездного Судебного трибунала, состоящая из трёх лиц, выбранных Советом, с допущением права защиты и обвинения всем гражданам, имеющим гражданскую правоспособность, причём о допущении к защите или обвинению должно было быть заявлено не позже, чем за день до разбора дела и по каждому делу число защитников и обвинителей ограничивалось двумя. Кроме того, при комиссариате юстиции были пять судебных следователей, один из которых был следователем по важнейшим делам.

В 2000 году увеличился состав суда – 7 судей, улучшилась материально – техническая база, качественный и количественный состав суда.