Решением Балаганского районного Совета народных депутатов № 182 от 12.09.1990 года был образован Балаганский районный суд.
Балаганский районный суд с 8 января 1998 г. стал подчиняться Управлению Судебного департамента при Верховном Суде РФ в Иркутской области. 

В 2004 году в Положение об Управлении Судебного департамента внесены изменения, касающиеся наименования Управления – изменено на Управление Судебного департамента в Иркутской области.