До 1959 года на территории Шексны действовал Пришекснинский районный народный суд.
В связи с решением Вологодского областного Совета народных депутатов от 21 ноября 1959 года Пришекснинский район был ликвидирован, частично присоединен к Чебсарскому и Череповецкому районам. На территории поселка Шексна был создан народный суд 2-го участка Чебсарского района, в поселке Чебсара работал суд 1-го участка Чебсарского района.
Решением областного Совета народных депутатов от 22 января 1963 года Чебсарский район был упразднен, территория была отнесена к Вологодскому району и в поселке Чебсара в марте 1963 года была организована постоянная сессия Вологодского районного народного суда.
14 января 1965 года решением исполнительного комитета Вологодского областного Совета депутатов трудящихся постоянная сессия Вологодского районного народного суда была переименована в Шекснинский районный народный суд. С этого времени и до 1997 года на территории действовал Шекснинский районный народный суд.
С 1997 года и по настоящее время действует Шекснинский районный суд Вологодской области.