Оргкомитетом по Алтайскому краю в соответствии с приказом Совета народных комиссаров РСФСР было принято постановление №2086 от 11 ноября 1938 года «Об организации 12 судебных участков по Алтайскому краю». В г.Барнауле участки относились к районам города: Центральному, Железнодорожному, Октябрьскому. До 1957 года участки, относящиеся к Центральному району (их было 3), действовали самостоятельно, не объединяясь в единую систему.
    24 сентября 1957 года исполком Алтайского краевого совета народных депутатов трудящихся по решению №669 постановил: действующие участковые районные народные суды по Алтайскому краю объединить в районные суды края и г.Барнаула, которые также были разделены на участки, но работающие в единой системе.
Центральный районный суд г.Барнаула составляли суды 1-го и 2-го участков, которые были объединены в 1961 году. До 1957 года судебные органы Центрального района г.Барнаула подчинялись Оргкомитету по Алтайскому краю, затем Исполкому Алтайского краевого Совета депутатов трудящихся. С 1957 года народный суд Центрального района г.Барнаула стал подчиняться краевому суду. С 1971 года суд находился в подчинении отдела юстиции Алтайского крайисполкома.
    Центральный районный народный суд г.Барнаула отдела юстиции Алтайского крайисполкома действовал с 4 февраля 1971 года по 21 января 1992 года.
Распоряжением администрации Алтайского края от 21 января 1992 года №74р отдел юстиции Алтайского крайисполкома преобразован в Управление юстиции администрации Алтайского края.
    После принятия в 1993 году Основного Закона РФ «Конституции Российской Федерации» в названии районных судов Алтайского края произошло изменение- было исключено из названия слово «народный», новое название суда стало – Центральный районный суд г.Барнаула Управления юстиции администрации Алтайского края. Распорядительный документ о переименовании районных судов Алтайского края Управлением юстиции не был издан.
    Распоряжением администрации Алтайского края от 27.03.1996 года №325р Управление юстиции администрации Алтайского края переименовано в Управление юстиции Алтайского края.
    На основании Федерального Закона от 08.01.1998 года №7-ФЗ «О судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации» образовано Управление Судебного департамента при Верховном Суде РФ в Алтайском крае. Действовать управление начало с 09.07.1998 года. Центральный районный суд г.Барнаула входит в структуру Управления Судебного департамента в Алтайском крае.