В соответствии с Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 15 августа 1985 года и на основании Решения исполнительного комитета Алтайского краевого совета народных депутатов от 21 августа 1985 года № 241 в Алтайском крае за счет территорий Павловского и Тюменцевского районов был образован Шелаболихинский район. С образованием Шелаболихинского района с 17 января 1986 года на территории района начал свою работу Шелаболихинский районный народный суд отдела юстиции Алтайского крайисполкома.
Распоряжением администрации Алтайского крайисполкома от 21.01.1992 г. № 74р отдел юстиции Алтайского крайисполкома был преобразован в Управление юстиции администрации Алтайского края, и соответственно, с 21 января 1992 года Шелаболихинский суд именовался как Шелаболихинский районный народный суд Управления юстиции администрации Алтайского края.

В июне 1992 года в связи с введением в действие Закона РФ «О статусе судей РФ», на основании которого судьи стали назначаться Президентом, районные народные суды были переименованы в районные суды. Таким образом, суд получил наименование Шелаболихинский районный суд Управления юстиции администрации Алтайского края, которое носил вплоть до 1996 года.

27 марта 1997 года Распоряжением № 325р администрации Алтайского края Управление юстиции администрации Алтайского края было преобразовано в Управление юстиции Алтайского края, и с этого момента и до 1999 года Шелаболихинский суд именовался как Шелаболихинский районный суд Управления юстиции Алтайского края.

В соответствии с Федеральным законом «О судебном департаменте при Верховном суде РФ» от 08.01.1998 г. № 7 суды были переданы в Управление Судебного департамента при Верховном суде РФ, и на основании данного Закона на Алтае было образовано Управление Судебного департамента при Верховном суде РФ в Алтайском крае. Таким образом, с 12 января 1999 года Шелаболихинский суд именуется как Шелаболихинский районный суд Управления Судебного департамента при Верховном суде РФ в Алтайском крае. Данное наименование суд носит по сей день.