На основании решения Краснодарского крайисполкома № 69 от 28.01.1965 г. об образовании Анапского городского суда приказом по Краснодарскому краевому суду № 17 от 16.02.1965г. первым народным судьей Анапского городского народного суда с 01.02.1965  г. был назначен Каспарян Рафаэль Самсонович.

В 1967 г. председателем Анапского городского суда назначен Маслов Виктор Иванович, проработавший в суде до 2001 г.
В 1999 г.  указом президента РФ Анапский городской суд занял здание бывшего горкома партии по адресу: г.-к. Анапа, ул. Ленина, 6.
В период с 2001- 2002 г.г. председателем Анапского городского суда являлся  Корчагин Александр Юрьевич, в настоящее время занимающий пост председателя Ставропольского краевого суда.

В период с 2002 – 2005 г.г. председателем Анапского городского суда являлся Бородинов Владимир Владимирович, в настоящее время занимающий пост председателя Северского районного суда.

В период с 2005 – 2006 г.г. председателем Анапского городского суда являлся Шевченко Сергей Викторович, в настоящее время занимающий пост заместителя председателя Ставропольского краевого суда.

23.11. 2007 г. Указом Президента РФ В.В. Путина сроком на 3 года председателем Анапского городского суда назначен Фомин Андрей Владимирович. В ноябре 2010г. Указом Президента РФ Д.А. Медведева продлены полномочия председателя Анапского городского суда Фомина Андрея Владимирович сроком на 6 лет.