Зилаирский районный суд был образован в середине сентября 1933 года, согласно исторической справки из архива администрации Зилаирского района Республики Башкортостан. Суд до 1962 года именовался Зилаирским районным народным судом, а с 1962 года по декабрь 1965 года Хайбуллинским народным судом БАССР, с декабря месяца 1965 года снова Зилаирским районным народным судом БАССР. С 1993 года именуется Зилаирским районным судом Республики Башкортостан.