По словам представителя Новгородской облпрокуратуры, теракт был совершен группой, подконтрольной одному из наиболее известных чеченских боевиков Доку Умарову.

В организации теракта, изготовлении и установке взрывного устройства подозревается бывший российский военнослужащий Павел Косолапов, дело которого выделено в отдельное производство.

По подозрению в причастности к теракту осенью 2007 года были задержаны Дзахкиев и Хидриев. Им были предъявлены обвинения по пунктам "а" и "в" части два статьи 205 (теракт), пунктам "а" и "г" части два статьи 112 (умышленное причинение вреда здоровью средней тяжести) и части три статьи 222 УК РФ (незаконное приобретение, передача и перевозка взрывчатых веществ организованной группой).

Представитель обвинения на прениях 29 декабря 2009 года просил суд приговорить Дзахкиева и Хидриева к 13 и 11 годам лишения свободы в колонии строгого режима соответственно. После оглашения приговора стороны обвинения и защиты заявили о намерении обжаловать его в Верховном суде РФ.

15 января Новгородский облсуд приговорил подсудимых по делу о подрыве "Невского экспресса" в 2007 году жителей Ингушетии Саламбека Дзахкиева и Макшарипа Хидриева по совокупности преступлений к десяти и четырем годам лишения свободы в колонии строгого и общего режимов соответственно.

Суд, в частности, установил вину подсудимых в незаконном обороте взрывчатки, но оправдал их по статье "терроризм".

На основании принятого решения суд отказал страховой компании ЖАСО в исках о взыскании с обвиняемых более 63 миллионов рублей.