Улюкаев был доставлен в Басманный суд Москвы для избрания меры пресечения 15 ноября 2016 года. В тот же день следствие предъявило ему обвинение и обратилось с ходатайством об избрании в отношении Улюкаева меры пресечения в виде домашнего ареста. Суд удовлетворил ходатайство следствия. Уже вечером Президент России Владимир Путин освободил своим Указом Улюкаева от должности Министра экономического развития РФ в связи с утратой доверия.

На первые заседания Улюкаева доставляли на машине ФСИН отечественного производства, весьма патриотично, надо отметить. До сегодняшнего дня современная Россия не знала прецедентов, подобных задержанию чиновника столь высокого уровня. Последний такой арест произошел еще в советские времена - в августе 1991 года. Участники Государственного комитета по чрезвычайному положению (ГКЧП), в который входили первые государственные и должностные лица советского правительства, выступившие против проводимых президентом СССР Михаилом Горбачевым реформ перестройки, были задержаны по 64 статье Уголовного кодекса РСФСР (измена Родине). Среди арестованных, в том числе, были Министры внутренних дел и обороны, премьер-министр, а также председатель КГБ СССР.

Алексей Улюкаев отрицал и отрицает свою вину в получении взятки в особо крупном размере. Защита бывшего министра экономического развития России обжаловала решение Басманного районного суда Москвы об избрании в отношении него меры пресечения в виде домашнего ареста. Мосгорсуд 28 ноября 2016 года оставил без удовлетворения апелляционную жалобу защиты обвиняемого. В апелляционной жалобе были заявлены доводы о незаконности задержания чиновника. В частности, указывалось, что Улюкаев фактически был задержан 14 ноября в 17:25, при этом защитники были допущены к задержанному лишь в 9:15 утра 15 ноября, и первый допрос проходил без адвокатов. «При выезде из офиса «Роснефти» вечером 14 ноября машина Улюкаева была блокирована сотрудниками Федеральной службы безопасности, и с этого момента он потерял свободу действий — не мог покинуть офис компании, и ему не было разрешено пользоваться средствами связи. Следует отметить, что сотрудники ФСБ грубо нарушили нормы уголовно-процессуального права, оформив его задержание в виде протокола осмотра происшествия, и совершенно непонятно на каком основании и в каком статусе мой подзащитный участвовал в «псевдоосмотре», который завершился 14 ноября в 23:30», — сообщал адвокат Тимофей Гриднев.

Каждый приезд экс-министра в суд сопровождался ажиотажем СМИ. Улюкаев заявлял о намерении дать интервью прессе. Но позже адвокаты отмечали, что ограничены в возможности комментировать обстоятельства уголовного дела в силу подписки о неразглашении данных предварительного следствия, а в отношении Улюкаева действуют запреты, связанные с содержанием под домашним арестом.

Защита экс-министра (слева-направо): Виктория Бурковская, Тимофей Гриднев, Лариса Каштанова.

В начале процесса бывший министр демонстрировал позитивный настрой: был весел, шутил и даже смеялся...

Басманный районный суд Москвы по ходатайству следственных органов наложил арест на денежные средства бывшего министра экономического развития РФ Алексея Улюкаева, находящиеся на счётах в банках России на общую сумму в размере более 1 миллиона долларов США и 280 миллионов рублей, сообщили РАПСИ в суде.

"Басманным судом был наложен арест на денежные средства обвиняемого Улюкаева, находящиеся на счётах в банках России на общую сумму в размере более 1 миллиона долларов США и 280 миллионов рублей. Также наложен арест на денежные средства в разной валюте и золотые монеты, каждая из которых стоимостью от 13000 до более 6 миллионов рублей, изъятых в ходе обысков", - сообщили тогда в суде.

Подсудимый активно готовился к процессу, наравне с защитой изучал материалы дела.

Ближе к завершению процесса подсудимый все больше демонстрировал спокойствие и невозмутимость.

Во время нахождения под домашним арестом бывшего министра всюду сопровождали сотрудники ФСИН.

Главной интригой процесса стала возможная явка в суд Игоря Сечина: большинство экспертов и наблюдателей полагали, что глава «Роснефти» не приедет на процесс, а судья удовлетворится оглашением его показаний на предварительном следствии.

Тем не менее суд четырежды пытался пригласить его на заседание, пока представитель Сечина не уведомил суд об отсутствии у его доверителя возможности явиться на заседание до конца года. Суд не только не стал добиваться явки Сечина, но и отказался оглашать в судебном заседании его показания на стадии предварительного следствия, что полностью соответствует позиции Верховного суда РФ.

Сам подсудимый счел, что Сечин не явился, так как «испугался обвинений в лжесвидетельствовании».

"Признаю себя виновным, что слишком часто шел на компромиссы, выбирал карьеру, пытался выстраивать отношения с нужными людьми, лицемерил. Прошу прощения у людей, я виноват перед вами. Остаток жизни я посвящу отстаиванием интересов людей", – заявил экс-министр в последнем слове.

В своем выступлении Улюкаев сравнил себя с гладиатором, который отбивается картонным мечом от более сильных противников, а публика с интересом наблюдает за поединком. Он также прокомментировал поведение Сечина: "Странный процесс, где потерпевший сначала превращается в свидетеля, а потом растворяется где-то на пространстве между Ханта-Мансийском и Римом".

Оглашение приговора задержалось на час. В зале стояла невыносимая духота. Но Улюкаев не терял присутствие духа и предложил защите с журналистами поступить как в школе: подождать судью ещё 15 минут и уйти. «Давайте, как в школе: 15 минут ждём и уходим», - сказал экс-министр, комментируя 40-минутную задержку с оглашением приговора. Идея обвиняемого была встречена дружным смехом.

Замоскворецкий суд Москвы приговорил к 8 годам колонии строгого режима экс-министра экономразвития Алексея Улюкаева по делу о взятке в два миллиона долларов от главы «Роснефти» Игоря Сечина.

Судья Семёнова отметила, что Улюкаев совершил особо тяжкое преступление, подорвал авторитет госвласти. Она считает, что он должен отбывать наказание в колонии строго режима.

Судья Лариса Семёнова засчитала в срок наказания Улюкаева время, проведённое под домашним арестом: бывший министр отсидел дома ровно один год и один месяц. Экс-глава Минэкономразвития сможет выйти на свободу в 2023 году.