Современная система арбитражных судов появилась вслед за новым хозяйственным законодательством, основанным на рыночных принципах экономической деятельности, - закон СССР от 26 мая 1988 года N 8998-ХI "О кооперации", закон РСФСР от 24 декабря 1990 года N 443-I "О собственности в РСФСР", закон РСФСР от 25 декабря 1990 года N 445-I "О предприятиях и предпринимательской деятельности" и др.

В связи с внедрением в экономику частноправовых регуляторов и стимулов, появлением частной собственности, развитием частной инициативы и многоукладной экономики, а, следовательно, и с увеличением количества субъектов предпринимательства возникла необходимость в реформировании органов, осуществлявших юрисдикцию в этой области, в создании независимой судебной системы, специально приспособленной для рассмотрения экономических споров между хозяйствующими субъектами различных форм собственности.

Организационно арбитражные суды созданы на кадровой и материальной базе бывших арбитражей, но коренным образом отличаются от них. Арбитражи представляли собой государственно-властные органы, действующие в совершенно ином экономико-правовом пространстве и на принципиально иной процессуально-правовой основе. Главной целью создания арбитражных судов являлось обеспечение в равной степени полноценной судебной защитой прав всех хозяйствующих субъектов независимо от форм собственности.

Первым арбитражным судом, созданным в 1991 году, стал Высший арбитражный суд (ВАС) СССР. Позже, в 1992 году, был образован Экономический суд СНГ, который должен был заменить ВАС СССР. Он, к сожалению, не начал достаточно четко функционировать и не смог сыграть той роли, которая ему предназначалась, последовав судьбе СНГ, в рамках которого не удалось сохранить в полной мере единое экономическое пространство.

4 июля 1991 года был принят закон РСФСР N 1543-I "Об арбитражном суде". Статья 1 этого закона устанавливала, что арбитражный суд осуществляет судебную власть при разрешении споров, возникающих из гражданских правоотношений (экономические споры) и из правоотношений в сфере управления (споры в сфере управления). Согласно п. 2 Постановления Верховного Совета РСФСР "О введении в действие закона РСФСР "Об арбитражном суде" с 1 октября 1991 года госарбитражи и арбитражи различных ведомств упразднялись.

5 марта 1992 года был принят первый Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации (АПК РФ), который был введен в действие с 15 апреля 1992 г., что является фактическим началом деятельности Высшего арбитражного суда РСФСР и системы арбитражных судов.
В развитии современной системы арбитражных судов можно выделить три этапа.

Первый этап начался с ее создания в 1992 году. Система арбитражных судов была двухзвенной. Первое звено - арбитражные суды субъектов Федерации (республик, краев, областей, городов федерального значения, автономной области, автономных округов), второе - Высший арбитражный суд РСФСР.

Арбитражные суды субъектов Федерации разрешали дела по экономическим спорам, по спорам, возникающим в сфере управления, по проверке в кассационном порядке законности и обоснованности решений арбитражных судов, не вступивших в законную силу.

Высший арбитражный суд РСФСР являлся высшим экономическим судебным органом Российской Федерации и осуществлял надзор за судебной деятельностью арбитражных судов в России.

Новый этап в законодательном обеспечении деятельности арбитражных судов связан с принятием в 1993 году Конституции Российской Федерации и развивающих ее федеральных законов.

В соответствии с Конституцией были подготовлены и приняты в 1995 году Федеральный конституционный закон от 28 апреля 1995 года "Об арбитражных судах в Российской Федерации" и новый Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации от 5 мая 1995 года. В последующем был принят Федеральный конституционный закон от 31 декабря 1996 года "О судебной системе Российской Федерации". Этими законами на конституционном уровне закреплена система арбитражных судов, а вся территория России законодательно разделена на десять федеральных арбитражных округов, что явилось качественно новым принципиальным этапом в развитии конституционного права на судебную защиту в экономической сфере. Двухзвенная система арбитражных судов была заменена трехзвенной. Промежуточным звеном между Высшим арбитражным судом РФ и арбитражными судами субъектов Федерации стали десять федеральных арбитражных судов округов, каждый из которых работает в качестве кассационной инстанции по отношению к группе арбитражных судов, составляющих один судебный округ.

Причиной изменения арбитражно-процессуального законодательства явился не только большой объем дел, рассматриваемых арбитражными судами, но и постепенно накапливаемый опыт экономического правосудия, потребности приведения его в соответствие со стремительно изменяющейся экономической сферой. Закономерно возникла потребность расширения системы арбитражных судов в целях повышения эффективности и доступности правосудия в экономической сфере.

Федеральные арбитражные суды округов по отношению к действующим на территории соответствующего судебного округа арбитражным судам субъектов Федерации являются вышестоящими судебными инстанциями лишь в процессуальном значении. В организационном, кадровом и прочих отношениях вышестоящим для всех арбитражных судов субъектов Федерации является Высший арбитражный суд РФ.

Появление самостоятельной инстанции в лице федеральных арбитражных судов округов обеспечило более высокую степень независимости суда, чем прежняя система, в частности при взаимодействии с другими ветвями власти на местах. В арбитражном судопроизводстве эта проблема стоит гораздо острее, чем в сфере компетенции судов общей юрисдикции, в силу того, что здесь чаще затрагиваются экономические интересы конкретных носителей исполнительной и законодательной власти, подведомственных им учреждений.

Образование судебной инстанции вне административно-территориального деления практически устраняет эту проблему, позволяет федеральному арбитражному суду округа чувствовать себя более свободным по отношению к местным властям, связанным только законом при принятии любого решения, что является одной из гарантий реализации права на судебную защиту.

Положения о создании трехзвенной системы арбитражных судов в полной мере соответствуют утвердившимся мировым стандартам правосудия. Классическая судебная система состоит из трех составляющих. Суд первой инстанции рассматривает основную массу дел и разрешает их. Второе звено существует для того, чтобы обжаловать решения суда первой инстанции, т.е. для проверки их законности и обоснованности. И наконец, высшая судебная инстанция во всех странах в качестве основной задачи стремится обеспечить единообразие судебной практики.

Повышению уровня обеспечения гарантий судебной защиты способствовало и введение апелляционного порядка пересмотра решений арбитражных судов в каждом арбитражном суде субъекта Федерации.

Третий этап развития системы арбитражных судов связан с принятием третьего по счету Арбитражного процессуального кодекса РФ от 24 июля 2002 года и совершенствованием системы арбитражных судов России, в которой апелляционная инстанция была изъята из структуры арбитражных судов субъектов Федерации и превращена в самостоятельный орган судебной власти. В России появились 20 арбитражных апелляционных судов. Тем самым была выстроена четырехзвенная структура по разрешению экономических споров – первая инстанция, апелляция, кассация и надзорная инстанция - ВАС. Это одно из самых значимых достижений судебной реформы.